Eu acho que é somente por conta da funcionalidade, oras. Realmente, as Tengwar (que já um plural, Beleg, seu singular é Tengwa) representam "sons" e no caso dos números não faria muito sentido utilizá-las. Porém, como aquele era o modo de escrita vigente, de que outra forma se poderia representar esses números? Escrevendo por extenso é que não, né? Imagine como seria para representar um determinado ano, num registro qualquer: "três mil quatrocentos e cinqüenta e dois"... Meio inviável de escrever com as tengwar dos fonemas, não acha?
O que pode ser que haja, e isso eu não faço a menor idéia, é uma outra denominação para as "tengwar de números", que não seja "tengwar" mesmo.